Il Consiglio di Indirizzo (CdI) è composto da 14 membri rappresentativi del territorio (incluso il Presidente). Il CdI viene nominato in un'equilibrata rappresentanza del territorio di riferimento, attraverso indicazioni di enti pubblici, religiosi e società civile nelle sue espressioni di organismi economici e sociali, dell'associazionismo culturale e delle realtà del Terzo Settore. Il CdI determina i programmi, le priorità e gli obiettivi della Fondazione, verificandone i risultati. Può istituire commissioni consultive permanenti o temporanee.